超级计算（学术）

模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序

可以拼接来自多个平台的测序数据

一个快速的将RNA-Seq数据进行快速剪接映射的程序

一款商业软件,但是如果只是科研用途的话

用于大型和复杂宏基因组学NGS读取的单节点汇编程序

序列组装程序

一款很经典的构建进化树的软件

使用贝叶斯方法构建系统发育树

一款利用最大似然法对DNA或蛋白质序列进行系统发育分析的软件包

中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物

用于拼接短序列组装

一个短序列的从头拼接软件

分子动力学相关的一些计算和模拟工作

超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组

一套广为应用的并行分子动力学模拟软件

一个快速比对两个基因组序列的软件

准确度和强大的功能，能够整合很多信息,如结构信息

一套与高通量测序数据交互的程序

通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能

一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较

通过搜索蛋白质或DNA数据库，或通过识别序列中的局

并行ClustalW

一种渐进的多序列比对方法,先将多个序列两两比对构建

用于研究生物分子体系的分子动力学程序包

基于隐马尔可夫模型,用于生物序列分析工作的一个非常

欧洲分子生物学开放软件包,一个开源的序列分析软件包

一个由python编译实现的的晶体声子分析程序

性能与VASP不相上下，基于PAW方法和ASE的密度泛

基于密度泛函理论(DFT)和非平衡格林函数疏运方法(

基于密度泛函理论计算总量的程序

（UStc的基于原子轨道的从头计算）是一个开源计算机

（粒子群优化的晶体结构分析）是一种有效的结构预测

免费，用于电子结构计算和材料建模的从头算量子化学方

Wannier90

宇宙学和天体物理研究中经常用到的一款重要的程序包

一个极为流行的宇宙学模拟程序

中尺度天气预报模式

通过整合多个相关科学规律模拟空气质量问题发生的全过程

基于非结构化三角形网格，专为有效模拟三维斜压循环而

一款用于处理火灾驱动的流体流动的计算流体力学CFD

程序主要分为模拟大气、地表、海洋和海冰四大部分

面向对象的有限元多物理场环境模拟软件，主要用于解决

专门为高度并行而设计的N体数值模拟程序

用于多尺度，多物理的海洋动力学模型模拟计算

一个应用广泛的开源气象模拟软件

深腾7000，2.3Pflops(0.7CPU+1.6GPU)，元”超级计算

曙光5000A，0.4Pflops，上海重要的信息技术基础设施

托郑州大学建设运营，计划于2020年上半年建成

天河1A，0.772Pflops，湖南大学运营

神威·蓝光，0.796Pflops,山东省计算中心承建

曙光6000，1.271Pflops，深圳云计算中心承建

国家超算广州中心天河2A，61.4Pflops，由广东省、广州市、国防科大

神威·太湖之光，93Pflops，科技部

针对超级计算机能效的排行榜

国际TOP500组织发布的，全球已安装的超级计算机系统

一款综合性计算电磁(CEM)软件，广泛应用于电信

CFD模块，定义和研究流体流动系统以及与其他物理

提供了独立的粒子型LatticeBoltzmann技术

用于进行固体、结构、流体以及结构相互作用的流体流动

新一代计算流体动力学（CFD）模拟软件

高效能的计算仿真工具,工程师能够根据自行定义多种

ESI集团开发的商业计算流体动力学求解器

保持在热流解析领域的领先地位，采用基于完全非结构化

设备仿真分析求解器，解决流体或固体流、传热和应力等

无缝集成于主流三维CAD软件中的高度工程化的通用流

CFD软件工具，可快速稳健地为各种CFD和多物理场

功能最强大的CFD软件工具，能够让您更深入更快速

达索产品，强大的材料模拟计算平台,用于材料科学研究

用密度泛函理论计算固体的电子结

跨尺度计算化学平台，包含多种尺度的计算化学方法

通用建模工具，提供定量数据在分子结构、能源、反应

电子结构从头计算程序，可以对分子的基态和激发态

国际上广泛使用的专业级电子结构量化计算软件

维也纳大学开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力

半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件

达索产品，面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境

被广泛承认并应用的分子动力学模拟程序

基于密度泛函方法的从头算量子力学程序，典型的应用表

基于密度泛含理论，采用赝势和平面波基矢的方法来处理

著名的分子动力学软件，用于蛋白质、核酸、糖

从头计算、DFT和半经验的从头电子结构SCF-MO程序包

从头计算、DFT和半经验的从头电子结构SCF-MO程序包

能最全面、最易于使用、效率最高而且完全开源免费的

用于分子和固体的电子结构计算和分子动力学模拟

可用于计算从周期性体相晶体到纳米结构多种材料

用于模拟纳米结构的量子输运性质（电导），通过实空间

一款开源的从头计算量子化学软件

一款从头计算软件，在多体微扰论及含时密度泛函理论框

一款通用的经典分子动力学软件，能方便地在分布式存储并行计算机上对大分子、聚合

一款赝势实空间软件包，用于含时电磁场下的一、二及三

进行HF，DFT，MP2计算最快最稳定的代码之一

一款著名的从头算分子动力学软件

大型并行量子化学软件；支持密度泛函（DFT）

用途广泛的软件包，一个高度通用的，进行和分析粗粒度

密度泛函平面波赝势代码，一款用于分子动力学从头计算

能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能

Kuntz研究小组发展的分子对接程序

主要应用于执行配体—蛋白分子对接

一般性分子动力学软件,对生物体系略有偏重，优点支持

以做耦合簇见长的从头算程序，同时也支持HF、微扰

从头计算量子化学程序。可以从RHF，ROHF，UHF，GVB和MC

使用标准量子力学方法描述电子波函数或密度，计算分子

开发的多物理场模拟软件，可进行基于有限元方法的流体力

一款用于结构分析的有限元软件，适合固体、流体、传热

一款用于处理火灾驱动的流体流动的计算流体力学CFD

一个c++库,实现了晶格玻尔兹曼模拟这一应用广泛的计算

专门适用于海洋或者海岸工程

为数值计算提供预处理和后处理的开放源代码的通用平台

由EDF自1997年起自主研发的一款通用计算流体力学

结构力学数值模拟的免费软件，主要由EDF研发部门

基于ＬＢＭ方法的计算流体软件，主要用于流体模拟

一个针对不同的的流动编写不同的C++程序集合