超级计算（学术）

一个由python编译实现的的晶体声子分析程序

性能与VASP不相上下，基于PAW方法和ASE的密度泛

基于密度泛函理论(DFT)和非平衡格林函数疏运方法(

基于密度泛函理论计算总量的程序

（UStc的基于原子轨道的从头计算）是一个开源计算机

（粒子群优化的晶体结构分析）是一种有效的结构预测

免费，用于电子结构计算和材料建模的从头算量子化学方

Wannier90

宇宙学和天体物理研究中经常用到的一款重要的程序包

一个极为流行的宇宙学模拟程序

中尺度天气预报模式

通过整合多个相关科学规律模拟空气质量问题发生的全过程

基于非结构化三角形网格，专为有效模拟三维斜压循环而

一款用于处理火灾驱动的流体流动的计算流体力学CFD

程序主要分为模拟大气、地表、海洋和海冰四大部分

面向对象的有限元多物理场环境模拟软件，主要用于解决

专门为高度并行而设计的N体数值模拟程序

用于多尺度，多物理的海洋动力学模型模拟计算

一个应用广泛的开源气象模拟软件

深腾7000，2.3Pflops(0.7CPU+1.6GPU)，元”超级计算

曙光5000A，0.4Pflops，上海重要的信息技术基础设施

托郑州大学建设运营，计划于2020年上半年建成

天河1A，0.772Pflops，湖南大学运营

神威·蓝光，0.796Pflops,山东省计算中心承建

曙光6000，1.271Pflops，深圳云计算中心承建

国家超算广州中心天河2A，61.4Pflops，由广东省、广州市、国防科大

神威·太湖之光，93Pflops，科技部

针对超级计算机能效的排行榜

国际TOP500组织发布的，全球已安装的超级计算机系统

一款综合性计算电磁(CEM)软件，广泛应用于电信

CFD模块，定义和研究流体流动系统以及与其他物理

提供了独立的粒子型LatticeBoltzmann技术

用于进行固体、结构、流体以及结构相互作用的流体流动

新一代计算流体动力学（CFD）模拟软件

高效能的计算仿真工具,工程师能够根据自行定义多种

ESI集团开发的商业计算流体动力学求解器

保持在热流解析领域的领先地位，采用基于完全非结构化

设备仿真分析求解器，解决流体或固体流、传热和应力等

无缝集成于主流三维CAD软件中的高度工程化的通用流

CFD软件工具，可快速稳健地为各种CFD和多物理场

功能最强大的CFD软件工具，能够让您更深入更快速

达索产品，强大的材料模拟计算平台,用于材料科学研究

用密度泛函理论计算固体的电子结

跨尺度计算化学平台，包含多种尺度的计算化学方法

通用建模工具，提供定量数据在分子结构、能源、反应

电子结构从头计算程序，可以对分子的基态和激发态

国际上广泛使用的专业级电子结构量化计算软件

维也纳大学开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力

半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件

达索产品，面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境

被广泛承认并应用的分子动力学模拟程序

基于密度泛函方法的从头算量子力学程序，典型的应用表

基于密度泛含理论，采用赝势和平面波基矢的方法来处理

著名的分子动力学软件，用于蛋白质、核酸、糖

从头计算、DFT和半经验的从头电子结构SCF-MO程序包

从头计算、DFT和半经验的从头电子结构SCF-MO程序包

能最全面、最易于使用、效率最高而且完全开源免费的

用于分子和固体的电子结构计算和分子动力学模拟

可用于计算从周期性体相晶体到纳米结构多种材料

用于模拟纳米结构的量子输运性质（电导），通过实空间

一款开源的从头计算量子化学软件

一款从头计算软件，在多体微扰论及含时密度泛函理论框

一款通用的经典分子动力学软件，能方便地在分布式存储并行计算机上对大分子、聚合

一款赝势实空间软件包，用于含时电磁场下的一、二及三

进行HF，DFT，MP2计算最快最稳定的代码之一

一款著名的从头算分子动力学软件

大型并行量子化学软件；支持密度泛函（DFT）

用途广泛的软件包，一个高度通用的，进行和分析粗粒度

密度泛函平面波赝势代码，一款用于分子动力学从头计算

能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能

Kuntz研究小组发展的分子对接程序

主要应用于执行配体—蛋白分子对接

一般性分子动力学软件,对生物体系略有偏重，优点支持

以做耦合簇见长的从头算程序，同时也支持HF、微扰

从头计算量子化学程序。可以从RHF，ROHF，UHF，GVB和MC

使用标准量子力学方法描述电子波函数或密度，计算分子

开发的多物理场模拟软件，可进行基于有限元方法的流体力

一款用于结构分析的有限元软件，适合固体、流体、传热

一款用于处理火灾驱动的流体流动的计算流体力学CFD

一个c++库,实现了晶格玻尔兹曼模拟这一应用广泛的计算

专门适用于海洋或者海岸工程

为数值计算提供预处理和后处理的开放源代码的通用平台

由EDF自1997年起自主研发的一款通用计算流体力学

结构力学数值模拟的免费软件，主要由EDF研发部门

基于ＬＢＭ方法的计算流体软件，主要用于流体模拟

一个针对不同的的流动编写不同的C++程序集合

模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序

可以拼接来自多个平台的测序数据

一个快速的将RNA-Seq数据进行快速剪接映射的程序

一款商业软件,但是如果只是科研用途的话

用于大型和复杂宏基因组学NGS读取的单节点汇编程序

序列组装程序

一款很经典的构建进化树的软件

使用贝叶斯方法构建系统发育树

一款利用最大似然法对DNA或蛋白质序列进行系统发育分析的软件包

中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物

用于拼接短序列组装

一个短序列的从头拼接软件

分子动力学相关的一些计算和模拟工作

超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组

一套广为应用的并行分子动力学模拟软件

一个快速比对两个基因组序列的软件

准确度和强大的功能，能够整合很多信息,如结构信息

一套与高通量测序数据交互的程序

通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能

一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较

通过搜索蛋白质或DNA数据库，或通过识别序列中的局

并行ClustalW

一种渐进的多序列比对方法,先将多个序列两两比对构建

用于研究生物分子体系的分子动力学程序包

基于隐马尔可夫模型,用于生物序列分析工作的一个非常

欧洲分子生物学开放软件包,一个开源的序列分析软件包